Mit Hilfe von Pflanzen werden anorganische oder organische Schadstoffe entfernt, stabilisiert oder zerstört. Es können vier Wirkungsprinzipen unterschieden werden: 1. Biodegradation der Wurzelzone (Enhanced Rhizosphere Biodegradation). Erhöhte biologische Aktivität an den Pflanzenwurzeln (z. B. symbiotisch lebende Pilze), Bodenauflockerung und aufwärts gerichteter Wasserstrom in der ungesättigten Bodenzone, stimulieren den biologischen Abbau. 2. Pflanzliche Akkumulation (Phyto-Accumulation). Schadstoffe werden durch die Pflanzen aufgenommen und in Blättern und Zweigen angereichert. 3. Pflanzlicher Abbau (Phyto-Degradation). Im Pflanzengewebe werden durch Enzyme (z. B. Dehalogenase oder Oxygenase) Schadstoffe katalytisch metabolisiert (z. B. aromatische und chlorierte Aliphate). 4. Pflanzliche Immobilzierung (Phyto-Stabilization). Schadstoffe werden durch pflanzliche chemische Stoffe im Übergangsbereich Boden/Wurzel demobilisiert. In Abhängigkeit von Pflanzenart sowie Art und Höhe der Schwermetallbelastung betragen die Schadstoffmengen, die mittels dieser Verfahren dem Boden entzogen werden können, zwischen einigen g und kg/ha.